Mit Autonomie ist gemeint, dass Selbsthilfegruppen und Selbsthilfeorganisationen ihre Selbstbestimmung wahren und Interessenkonflikte vermeiden. Und dass sie allein den Interessen ihrer Mitglieder verpflichtet sind. Zentral hierbei ist die finanzielle Unabhängigkeit. Um ihre Autonomie zu wahren, nehmen Selbsthilfegruppen keine Gelder von Wirtschaftsunternehmen an, beispielsweise von Arzneimittelherstellern und Hilfsmittelherstellern.